Основные проблемы в применении зачета могут быть в ситуации, когда одна сторона согласна с требованиями другой и готова к зачету обязательств, а другая – или не готова к взаимозачету, или не согласна с требованиями.
Как правило, стороны, которые не согласны применять зачет, данные обстоятельства прописывают в договоре (соглашениях). Поэтому наиболее неприятной проблемой может быть непризнание требований (обязательств), которые планируется использовать.
Например: Постановление арбитража округа от 19.02.2018
Аренда земли, арендодатель посчитал, что арендатор не исполняет договор, и подал в суд. Арендатор захотел сократить часть требований через взаимозачет. Однако он не смог предоставить доказательства, которые смогли бы убедить суд в наличии встречных требований. Документы, которые могли подтвердить это, были заполнены с ошибками.
Таким образом, самый важный фактор успешного применения взаимозачета – это правильное проведение и сопровождение сделок.

Оценка применения зачета при процедуре банкротства
Закон о банкротстве запрещает (п.1 ст.63 №127-ФЗ) прекращать обязательства зачетом после введения в отношении должника наблюдения. Однако подобных операций может быть достаточно при анализе сделок за последние 3 года.
Рассмотрим ситуации, когда зачет признается недействительным, на что обратить внимание кредитору.
1). Знал ли контрагент (с которым был проведен зачет) в момент сделки, что должник неплатежеспособен?
На это могли указывать следующие факторы:

• значительное количество судебных решений о взыскании задолженности с должника;
• опубликованное сообщение кредитора о намерении обратиться в суд с заявлением о банкротстве;
• решение о блокировке счетов должника;
• данные по неисполненным исполнительным производствам за длительный период.

Если такие факторы прослеживались в период проведения зачета требований, то это аргумент в пользу оспаривания сделки.
2). Носит ли сделка систематический характер?
К таким можно отнести любые сделки с регулярными платежами. Например, погашение кредита, оплата услуг связи, ежемесячная аренда и т.д. К таким сделкам нельзя отнести предоставление отступного, платеж со значительной просрочкой, не обоснованный разумными экономическими причинами досрочный возврат кредита.
Если сделка должника, по которой обязательства прекращены зачетом, не относится к систематическим, то это аргумент в пользу ее оспаривания.
3). Касается ли зачет каких-либо обеспечительных обязательств должника или штрафных санкций?
К такому можно отнести:

• обеспечительный платеж в пользу задолженности по аренде;
• удержание гарантийного депозита из-за нарушения договора;
• удержание вознаграждения подрядчика для устранения нарушений.

Обратите внимание на условия договора, связанные с подобными удержаниями. Например, для договора аренды. Если в нем нет условия о том, что обеспечительный платеж не подлежит возврату или вносится в счет последнего периода аренды, то это аргумент в пользу оспаривания сделки.
Конечно, все эти обстоятельства имеют значение только в том случае, если из-за проведения зачета другие кредиторы не смогут вернуть свой долг или нарушится очередность возврата. Кроме того, оспаривание зачета требований – это не основной критерий успеха оспаривания спорных сделок должника.

Оценка зачета в спорах о признании получения необоснованной налоговой выгоды
В 2006 году в Постановлении Пленума ВАС РФ №53 было указано, что при использовании особых форм расчетов суд должен исследовать наличие разумных экономических причин. Одну из таких форм расчетов, а именно – «неликвидные» векселя, ФНС в своем письме (IV, п) от 10.03.2021 признает признаком получения необоснованной налоговой выгоды.
Используется зачет или нет, налоговики в первую очередь будут оценивать следующее:
1). Совершалась ли реальная сделка.
2). Являетесь ли вы и контрагент подконтрольными организациями.
Например: Постановление арбитража округа от 26.02.2019
Сразу 6 организаций, расчеты с которыми ООО «С» использовала в налоговом учете, были признаны судом, как не обладающие ресурсами, необходимыми для исполнения обязательств и ведения реальной предпринимательской деятельности. Также было выявлено управление счетами нескольких из этих организаций с одного IP, несовпадение подписи в первичных документах с указанными в них подписантами, выполнение работ сотрудниками самого ООО «С» (а не подрядчиков по договорам), отсутствие подтверждающих реальность сделки документов (например, по расчетам нужно было сделать 200 поездок для перевозки задокументированного объема груза, но по этим же документам отгрузка была за 1 день).
В плане прекращения обязательств зачетом требований суд указал, что это не подтверждает расчетов с контрагентом, не доказывает реальность сделок. Реальных доказательств возникновения обязательств, которые потом были зачтены, предоставлено не было.
Есть и противоположный пример: Постановление арбитража округа от 25.07.2019
В данном случае реальность сделки удалось доказать. Довод налоговиков по поводу прекращения обязательств зачетом суд не оценил, как основание для вывода о наличии у налогоплательщика необоснованной налоговой выгоды.
Таким образом, применение зачета никак не влияет на риски признания получения необоснованной налоговой выгоды – не повышает эти риски, но и не может быть доказательством реальности сделок.